ESC diawali dengan datangnya Ps. Yehezkiel Wilan dan Keluarga ke kota Pontianak untuk merintis pelayanan baru dari Gereja lokal GBI Bethany Jakarta pada bulan Juni 1996.

Gereja yang masih muda dimulai dengan 3 keluarga di sebuah ruko yang disewa di jalan Nusa Indah 1, sekitar area supermarket Pontisari. Dengan jiwa-jiwa yang Tuhan kirimkan, ibadah raya minggu pindah ke hotel Kapuas Palace, lalu pindah ke gedung Pelni, kemudian pindah lagi ke restoran Gajah Mada,

hingga pada akhirnya dengan bertambahnya jiwa-jiwa yang Tuhan percayakan dan atas penyertaan Tuhan, pada tahun 2009 Tuhan izinkan ESC memiliki gedung sendiri yang bertempat di Jln. Prof. M. Yamin No.1a Kota Baru.

ESC merupakan singkatan dari EL SHADDAI CHURCH, dimana nama ini dipakai sebagai Jati Diri di dalam era digital atau dunia maya.

Pada awal Gereja ini berjalan menggunakan nama GBI Bethany, lalu berubah menjadi GBI Rayon 16 dan pada tahun 2009 menjadi GBI EL SHADDAI hingga sekarang. Nama EL SHADDAI dipilih sebagai nama Tuhan ketika memperkenal kan diri kepada Abraham di kitab Kejadian 17, SHADDAI artinya adalah Maha Kuasa, EL SHADDAI sama dengan Allah Maha Kuasa. Nama El Shaddai menginspirasikan bahwa Allah itu Maha Kuasa dan Dialah yang sanggup membangun Gereja-Nya seperti yang dikehendaki-Nya.